林肯航海家的安全配置特點顯著。

被動安全方面，其搭載 Personal Safety System 個人安全體系，標配 8 個安全氣囊，配備 FPSS 前排乘客傳感系統，氣囊啟動策略可定制。安全庇護系統能在偵測到側翻時瞬間開啟側窗簾氣囊。車輛在中國銷售的版本與美版在安全性上保持一致，被動安全有保障。

主動安全配置更是豐富，搭載林肯 Co-Pilot360TM 智能助駕系統，包括 ACC 智能自適應巡航系統，支持自動跟車、同步停車和起步后繼續跟隨，還支持全速巡航。LCA 車道居中輔助系統能自動計算并保持車輛居中位置，還有 LDW 車道偏離警告系統與 LKA 車道保持輔助系統輔助。

PCA 防碰撞輔助系統帶 FCW 前方碰撞預警、AEB 主動緊急制動與行人監測，能提示碰撞風險并主動剎停。ESA 緊急避讓轉向輔助系統可輔助駕駛員及時轉向避讓障礙。PIB 碰撞后主動制動系統能避免二次碰撞。

停車時有 BLIS 盲區監測系統、360 全景影像和 EAPA 主動泊車系統，還有 AHB 自動遠光燈控制系統能自動切換遠近光。

此外，新風系統能保證車內空氣安全，駐車新風系統會適時自動開啟換氣。總之，林肯航海家在安全配置上做到了全面且出色，為車主提供了全方位的安全保障。