林肯航海家的安全配置非常豐富。

主動安全方面，全系標配新一代林肯 Co-Pilot 360TM 2.1 智能輔助駕駛系統，包含 12 個超聲波雷達、6 個攝像頭、5 個毫米波雷達、1 個域控器、1 套高精地圖，還有 20 余項輔助駕駛功能。比如 PCA 防碰撞輔助系統能在前方車輛急剎時自動剎停。新增左轉碰撞預警輔助功能，能在車輛左轉時針對盲區發出警報并自動剎停。BlueCruise 主動駕駛輔助功能可在高速和城市特定路段實現 L2+級智能輔助駕駛，采用駕駛員眼球和頭部監控領先科技。i-ACC 智能自適應巡航系統支持 Stop&Go 自動跟車和 TSR 交通標識識別，LCA 道路居中輔助等系統確保車輛保持在自身車道內。還有車道內主動避讓功能和 ALC 自動變道輔助功能保障變道安全。

被動安全方面，滿足 US-NCAP 和 C-NCAP 雙五星安全標準，采用 88km/h 后碰追尾測試標準遠超國際標準。側氣簾設計遵循嚴格規范，守護非正常坐姿兒童。新車采用一體式門環結構，整車 1300Mpa 以上“潛艇級”熱成型硼鋼使用率超 32%。

空氣安全方面，搭載智能座艙“新風管家”系統，選用高效活性炭過濾器，有四重過濾結構，能有效過濾 94%的 PM0.3 顆粒物，吸附有害物質，防止車內異味。還有 PM2.5 智能監測等系統，支持智能切換內外空氣循環，具備座艙新風、解鎖新風和駐車新風三大功能。

而且，林肯航海家在世界權威的汽車安全評估機構 IIHS 的評選中榮獲“Top Safety Pick+”最高安全評級+大獎