林肯航海家 Nautilus 的安全配置非常豐富。

主動安全方面，全系標配新一代林肯 Co-Pilot 360TM 2.1 智能輔助駕駛系統，有 12 個超聲波雷達、6 個攝像頭、5 個毫米波雷達等，20 余項輔助駕駛功能。比如 PCA 防碰撞輔助系統能自動剎停，左轉碰撞預警輔助能應對左轉盲區，BlueCruise 主動駕駛輔助能實現 L2+級智能輔助駕駛，還有 i-ACC 智能自適應巡航、LCA 道路居中輔助等。新增車道內主動避讓和 ALC 自動變道輔助功能，保障變道安全。

被動安全上，滿足 US-NCAP 和 C-NCAP 雙五星安全標準，采用 88km/h 后碰追尾測試標準，遠超國際標準。有嚴格的國際離位成員保護規范，側氣簾設計周全，新車采用一體式門環結構，“潛艇級”熱成型硼鋼使用率超 32%。

空氣安全上，搭載智能座艙“新風管家”系統，有高效活性炭過濾器和四重過濾結構，能過濾 94%的 PM0.3 顆粒物，還有 PM2.5 智能監測等系統，支持座艙新風、解鎖新風和駐車新風功能，可遠程控制提前開空調。

此外，還榮獲美國公路安全保險協會“Top Safety Pick+”大獎，像素級 LED 前大燈和前方碰撞預防系統表現出色。