長期使用電子油門加速器主要有以下缺點：

首先是增加油耗，因為它讓油門響應更靈敏，駕駛風格會更激烈，導致油耗上升，但幅度不算太大。

其次是操控難度加大，手動擋車型在起步或換擋時，油離配合更困難，可能出現加油不暢或車輛憋氣的情況。

對于自動擋車型，快速提升油門信號可能導致頻繁自動降檔，增加發動機轉速，既耗油又增加磨損。

而且在復雜路況或特殊天氣下，如雨雪天，激進的加速風格會給駕駛帶來不便，增加安全隱患。

此外，電子油門加速器還存在油門不好控制的問題，安裝時需拔掉油門踏板的電子控制元件，串聯電子油門，手動擋車型油門踏板反應過于靈敏，精準控制難度大。

同時，如果電子油門加速器質量不好，出現故障時，可能導致油門控制失效，存在安全隱患。

不過，電子油門加速器在一定程度上能緩解油門遲滯，只要合理使用，也能帶來一定的便利。