電子油門加速器的缺點一般不會縮短發動機壽命。

但存在一些問題，比如操控難度加大，安裝后無論路況如何，都會加速意愿強烈，夜間視線不良或雨雪天氣時猛加速會增加行車危險。

油耗也會有所增加，這并非加速器本身導致，而是安裝后駕駛習慣改變，車快了會不自覺狠給油，且油門響應提升使駕駛風格趨于激烈。

對于手動擋車型，電子油門加速器縮短了油門有效行程，油門響應過于敏感，不利于精確控制油離配合。

不過，是否安裝要根據自身需求、駕駛習慣、技術、路況和車子改裝狀態決定。