長期使用電子油門加速器主要有以下缺點：

1. 操作難度增大

- 對于手動擋車型，電子油門加速器會使油門變得靈敏，起步或換擋時油離配合困難，易出現加油不暢或車輛熄火的情況。

- 在復雜路況或雨雪天氣，靈敏的油門增加了操控難度，帶來安全隱患。

2. 油耗增加

- 安裝電子油門加速器后，油門響應變快，駕駛習慣可能改變，不自覺地猛踩油門，導致油耗上升。

- 即便加速器本身不直接增加油耗，但促使ECU將駕駛風格認定為“激烈”，也會使油耗增多，不過增加幅度一般在5%-10%，在可接受范圍內。

3. 駕駛體驗受影響

- 高轉速狀態下作用不明顯。

- 在一些復雜路況，如擁堵的城市道路，過快的油門響應使車輛難以平穩行駛，增加駕駛疲勞感，打破車輛原有的動力平衡，導致駕駛舒適性下降。

- 可能影響車輛的操控穩定性，駕駛員操作時需要更精細控制力度，否則容易急加速或急減速，增加駕駛風險。

- 過度依賴可能給發動機和傳動系統帶來額外負擔，加劇零部件磨損，縮短使用壽命。