電子油門加速器的缺點在不同車型上表現并不一致。

手動擋車型加裝電子油門加速器后，油門踏板響應過于敏感，起步時需要更精確的油離配合才能達到以往效果，油路和離合器配合困難，可能出現加油不走或車輛憋氣的情況。

自動擋車型在配備電子油門加速器后，降檔會更激進，駕駛風格變得更猛，在復雜路況或雨雪天氣，會給駕駛者帶來不便，存在一定安全隱患。

另外，電子油門加速器會使車輛油耗或多或少增加，不過增加幅度不是特別嚴重，一般能接受。

而且，電子油門無法將反應調慢。長時間使用會產生積碳，需要定期清理，清理后要重新匹配電腦，否則短時間內發動機油耗會升高。

總之，不同車型由于自身結構和調校差異，電子油門加速器缺點的表現程度會有所不同。