林肯航海家的安全配置非常出色。

它全系標配新一代林肯 Co-Pilot 360TM 2.1 智能輔助駕駛系統，有 12 個超聲波雷達、6 個攝像頭、5 個毫米波雷達等，具備 20 余項輔助駕駛功能。比如 PCA 防碰撞輔助系統能自動剎停車輛，新增左轉碰撞預警輔助功能。BlueCruise 主動駕駛輔助功能可在特定路段實現 L2+級智能輔助駕駛，還有 i-ACC 智能自適應巡航系統、LCA 道路居中輔助等功能保障行車安全。

被動安全方面，遵循全球最嚴苛標準，滿足 US-NCAP 和 C-NCAP 雙五星安全標準，采用 88km/h 后碰追尾測試標準。側氣簾設計嚴格，能周全守護非正常坐姿兒童。新車首次采用一體式門環結構，整車 1300Mpa 以上“潛艇級”熱成型硼鋼使用率超 32%。

空氣安全上，搭載智能座艙“新風管家”系統，能有效過濾 94%的 PM0.3 顆粒物，擁有四重過濾結構，還具備多種智能監測和循環系統。

在世界權威的汽車安全評估機構 IIHS 的評選中榮獲“Top Safety Pick+”大獎。