車輛違章扣分不一定是扣車主的分。通常情況下，誰駕駛車輛違法就記誰的分，若現場被交警抓到違章且能確認駕駛員身份，就扣駕駛員的分；電子眼抓拍的違章，在未明確指向駕駛員時，既可用車主駕照扣分，也可用實際違章駕駛員的駕照扣分。不過，在一些特殊情形下，比如車主存在過錯行為時，也可能面臨扣分。總之，違章扣分的對象要依具體違章情況和相關規定來確定 。

在現場吃罰單的違章場景中，交警明確了違章司機的身份，那么扣分就會直接記在當事司機駕照上，這種情況責任清晰，不會牽扯到車主。而電子眼抓拍的違章處理相對復雜些，若當事人主動前往交警隊承認錯誤，自然扣的是他的分；可要是沒人認賬，為了保證車輛能正常通過年審，車主往往得把違章處理妥當。

另外，當車主將車輛借給無駕駛資格、準駕車型不符或醉酒者駕駛時，車主存在過錯，這種情況下就可能需承擔連帶責任，面臨扣分等處罰。要是車主對違章行為有授意等行為，也逃脫不了責任。還有一種情況，借用人違章后耍賴拒不接受處理，車主為避免車輛后續出現諸如無法年檢等問題，很可能不得不承擔扣分等責任。

不過，車主若能證明非本人駕駛，可向交管部門提交行車記錄儀視頻、證人證言等相關證據，申請撤銷違章記錄。只要證據充分，違章記錄就會被撤銷。若出現爭議且協商無果，車主或實際駕駛人還能通過行政訴訟來解決，讓法院根據事實和法律規定做出公正判決。

總之，車輛違章扣分在一般情況下扣的是實際違章駕駛人的分，但在特殊狀況下車主也可能被波及。車主和駕駛人都應了解相關規定，在面對違章時依法依規處理，保障自身權益，維護交通秩序。