公司車輛違章扣分，通常是扣實際駕駛人的分。在實際情況中，若是交警現場查處違章，會直接對駕駛人進行扣分；電子眼抓拍的違章，一般也是由實際駕駛人處理扣分。這是因為交通法規遵循“誰違法誰擔責”的原則，讓實際實施違章行為的駕駛人承擔責任，既能有效約束駕駛行為，也符合公平公正的法治精神。

在現場執法時，交警能明確識別違章駕駛人，自然是對其進行扣分處罰。而電子眼抓拍雖然無法直接確認駕駛人身份，但按照規定，也應由實際開車的人前往處理。這就要求公司建立完善的車輛使用登記制度，清晰記錄每一次出車的駕駛人信息，以便在出現違章時能迅速明確責任主體。

若遇到難以確定實際駕駛人的情況，公司就可能需要出面協助處理。比如車輛被多人使用且出車記錄不詳盡時，公司可能先承擔扣分責任。不過，之后公司可通過內部調查等方式，追究相關人員責任。

值得注意的是，公司車輛違章扣分與罰款的承擔并非完全等同。罰款方面，若駕駛員是在執行工作任務過程中違章，罰款通常由公司承擔；若是私自用車違章，則由駕駛員自行負責。而扣分責任，一般是由實際駕駛人承擔。但如果公司存在管理不善等過錯，例如車輛日常維護不到位影響駕駛，導致違章，公司可能也需承擔一定責任。

總之，公司車輛違章扣分問題涉及多方面因素。明確責任歸屬，不僅能確保交通法規的嚴格執行，還關系到公司內部管理的規范有序。公司和駕駛人都應重視起來，通過完善制度、規范行為等措施，共同營造安全、有序的交通環境，減少違章情況的發生 。