公司車輛違章扣分的歸屬需分情況看待，現場被交警查處的違章，扣分扣在駕駛人身上；電子眼拍攝的違章，通常扣在車主即公司名下。當現場被交警查處時，交警會依據實際駕駛人的違章行為進行扣分。而電子眼抓拍時，因難以確定具體駕駛人，一般就將扣分算在公司頭上。不過若能明確實際駕駛人，公司也可讓其承擔相應扣分 。

若駕駛員是公司員工，在執行公司職務過程中出現違章行為，公司通常會承擔相應責任。比如員工受公司安排開車去洽談業務，途中產生的違章，公司會根據內部規定處理。若員工私自使用公司車輛辦私事導致違章，那么責任就得由駕駛員本人承擔。

要是駕駛員并非公司員工，若能確定實際違章人，自然由其負責扣分。可要是無法明確實際違章人，可能就需要車輛實際管理人，也就是公司相關負責人來處理了。比如公司將車外借，借車人又轉借他人，違章后難以找到實際駕駛人，此時公司相關負責人就可能要面對這一情況。

特殊情況下，當車輛統一調配，無法明確具體違章駕駛員時，公司若指定專人或承擔費用安排人員處理，可能會引發代替記分等問題。例如公司的公車每天由不同員工使用，某天產生違章卻無法確定是誰所為，這種情況下的處理就需要謹慎對待。

總之，公司車輛違章扣分的歸屬情況較為復雜。明確違章責任人是關鍵，公司應建立完善的車輛使用管理制度，詳細記錄車輛使用情況，以便在出現違章時能快速、準確地確定責任歸屬，依法依規處理違章，減少不必要的麻煩和糾紛。