單位車輛違章扣分通常扣實際駕駛人的分。在交警現場查處違章時，會直接對駕駛人進行扣分；電子眼抓拍的違章，一般也是由實際駕駛人來處理扣分，遵循“誰違法誰擔責”的原則。若難以確定實際駕駛人，單位可能先承擔扣分責任，之后再追究相關人員責任。此外，駕駛行為與工作的關系、單位管理情況及內部規定等，也會影響最終的扣分歸屬 。

當車輛違章是在現場被交警查到時，情況較為清晰明了。交警會依據“實名制處理交通違章”制度，要求違章人員出示身份證及駕駛證，直接將扣分記在當事人駕駛證上。這時候，扣分對象就是現場的駕駛人，毫無爭議。

而電子眼抓拍的違章情況則相對復雜一些。要是有人主動前往交警大隊確認違章，那么就扣確認者的分。可要是無人認可該違章行為，有些地方的車管所會通過阻止車輛年檢的方式，督促車主來處理違章，在這種情況下，單位作為車主可能就需要先承擔起扣分責任。

從駕駛行為與工作的關系來看，如果駕駛員是在執行工作任務過程中違章，一般由駕駛員承擔扣分責任；若駕駛員違章屬于私自用車，與工作任務無直接關聯，比如下班后私自開單位車外出發生違章，那就由駕駛員自行負責。

單位自身的管理情況也不容忽視。若單位存在管理不善等過錯，例如車輛使用登記制度不完善，導致無法準確確定實際駕駛人，那么單位可能也需承擔一定的扣分責任。此外，單位內部規定同樣會對責任歸屬產生影響，要是員工與單位在違章扣分責任上存在爭議，可通過勞動爭議途徑來解決。

總之，單位車輛違章扣誰的分，需要綜合多方面因素來判斷。無論是現場查處還是電子眼抓拍，“誰違法誰擔責”是基本準則，但實際操作中，駕駛行為性質、單位管理狀況以及內部規定等都會左右最終的責任分配 。