電動摩托車扣分對機動車駕駛證后續使用是有影響的。電動摩托車屬于機動車，與小型汽車駕駛證在一個本子上，共12分的積分周期，無論駕駛哪種車違法都在此計分。若駕駛電動摩托車時沒持相應駕駛證，C1駕駛證分數會被扣除；若違反交規如闖紅燈等，同樣會面臨扣分罰款。所以，駕駛電動摩托車務必守法并持有有效駕駛證 。

具體來說，一旦電動摩托車扣分，在一個記分周期內，如果扣分未滿12分，那么在該周期結束時，所扣分數會清零，不影響機動車駕駛證的正常使用。但要是在一個記分周期內，累計扣分達到或超過12分，那情況就不同了。

機動車駕駛人需要在15日內到機動車駕駛證核發地或者違法行為地公安機關交通管理部門，參加為期7日的道路交通安全法律、法規和相關知識學習。學習完成后，車輛管理所應當在20日內對其進行道路交通安全法律、法規和相關知識考試。考試合格的，記分予以清除，發還機動車駕駛證；考試不合格的，繼續參加學習和考試。拒不參加學習，也不接受考試的，由公安機關交通管理部門公告其機動車駕駛證停止使用 。

另外，電動摩托車在后續的審驗方面也有規定，在第2年、第4年、第8年需要進行免檢車合格標志申領，第6年、第10年要前往檢測機構上線檢測，十年以上每年審驗。這期間要是存在較多扣分記錄，可能會在審驗時受到額外關注。

總之，駕駛電動摩托車時，一定要嚴格遵守交通法規，避免扣分。因為這不僅關系到電動摩托車的駕駛，更會對整個機動車駕駛證的使用產生重要影響，關乎我們日常的出行便利與安全。