外地車輛在北京違章是會影響年檢的。

根據相關規定，車輛在進行年檢時，需要確保沒有未處理的違章記錄。不管是本地車輛還是外地車輛，只要在北京有違章未處理，都無法通過年檢。

那么，如果外地車輛在北京違章了，該怎么處理呢？首先，可以通過線上渠道處理，比如登錄交通安全綜合服務管理平臺或者使用相關的手機 APP 進行處理。但要注意，線上處理可能存在一定的限制條件，比如只能處理罰款金額較小、扣分較少的違章。

其次，也可以前往北京的交通執法站進行現場處理。在處理時，需要攜帶行駛證、駕駛證等相關證件。

另外，如果不方便親自前往北京處理，還可以委托在北京的朋友或者代辦機構幫忙處理，但要注意選擇正規可靠的代辦機構，避免上當受騙。

總之，為了順利通過年檢，外地車輛在北京行駛時一定要遵守交通規則，避免違章。如果不小心違章了，要及時處理，以免影響年檢。