線上申請機動車年檢的費用支付方式有多種。

首先，如果是在當地交通管理部門的官方網站或指定的在線服務平臺辦理，完成信息填寫和證件上傳后，系統會顯示費用，可通過銀行卡、支付寶、微信等在線支付方式完成繳納。

其次，在交管 12123 平臺，預約成功后也能通過平臺在線支付。

小型汽車 1 次年檢通常 240 元/次，摩托車 1 次年檢 80 元/次，其他車型依具體情況而定。

對于 6 年內免檢的車型，網上辦理年檢免費。非免檢車型則需支付相應費用，一般在 200 元-300 元之間，若有違章等問題還可能需額外支付罰款。

若選擇網上代辦服務機構辦理，可能要支付 50 元-200 元的代辦服務費。

支付時要注意確認支付金額和方式正確，確保順利完成年檢費用的支付。