營運車輛超載的處罰包括罰款、扣分，由交管部門扣留機動車至違法狀態消除，運輸單位經罰不改還會對主管人員罰款。

營運客車超載，若載人超過核定人數未達20%，一次扣6分，處二百元以上五百元以下罰款；超過核定人數20%以上，一次扣12分，處五百元以上二千元以下罰款。公路客運車輛載客超過額定乘員，罰款二百元以上五百元以下；超過額定乘員20%或者違反規定載貨，罰款五百元以上二千元以下。

營運貨車超載，載物超過核定載質量未達30%，一次扣3分，處二百元以上五百元以下罰款；超過核定載質量30%以上或者違反規定載客，一次扣6分，處五百元以上二千元以下罰款。貨運機動車超過核定載質量，罰款二百元以上五百元以下；超過核定載質量30%或者違反規定載客，罰款五百元以上二千元以下。

此外，超載營運車輛會被交管部門扣留至違法狀態消除。若運輸單位的車輛經處罰不改，對直接負責的主管人員處二千元以上五千元以下罰款。這些處罰旨在約束營運車輛規范運營，保障道路交通安全。