由于汽車發動機環境惡劣，電控系統經常受到車內外電磁波的干擾。這些干擾可能以脈沖的形式進入ECU，干擾或破壞某些電子元器件的工作狀態，有時甚至會損壞元器件，嚴重影響控制系統的正常工作，導致發動機和車輛故障。

因此，為了保證控制系統的可靠運行，控制系統必須具有良好的抗干擾能力。

汽車發動機控制系統的干擾源既包括外部干擾源，也包括控制系統內部元件和電路之間的相互干擾。系統中的干擾主要由電路間的公共阻抗耦合引起。比如，在同一個電路中，電流的變化必然會干擾另一個電路；

每個電路通常有一個公共電源。當一個電路上的負載發生變化時，其他電路的工作電壓也會發生變化。所有電路的公共接地阻抗也會導致電路中的噪聲和電壓漂移。這些都會導致電路穩定性的下降和信號中的干擾噪聲。

汽車電器是控制系統的外部干擾源，其干擾主要是由這些電器中的感性負載在開關過程中引起的。最讓人不安的是點火系統。當一次回路斷開時，二次繞組會感應出10~20kV的高壓電發出高頻電磁波，穿過電插頭的電極間隙，產生電火花。脈沖電流的變化可以通過在高壓點火線周圍輻射電磁波來干擾。通過與系統中傳感器和輸入信號線的電感和電容耦合，相應的信號會疊加干擾噪聲一起輸入，對相關電路和ECU造成干擾。點火系統的強干擾也干擾了輸出信號，導致輸出信號的紊亂，從而造成控制系統與發動機工況的不平衡。

電控系統的抗干擾措施主要從控制系統的硬件和電路入手，盡量將干擾信號消除在進入ECU之前，從而減輕系統中軟件的負擔。這些措施包括ECU使用穩壓電源防止電源電壓波動；去耦電容分別并聯在電源輸入端和接地端之間；所有電源電路共用一個接地點，避免了它們之間共用地線造成的公共阻抗耦合干擾；

盡量縮短接地回路長度，使用較粗的導線；信號線要屏蔽，避免接收干擾信號；安裝功率過大的電臺是不可取的。如有必要，電臺的天線應盡可能遠離ECU，以免干擾ECU的工作，影響其控制程序的正常運行。同時，揚聲器不要安裝得離ECU系統太近。

在數字信號傳輸中，采用光電耦合器作為傳輸連接，可以將元器件從電氣連接和干擾中分離出來，對消除控制系統輸入脈沖和開關信號中的干擾噪聲有明顯的作用。