蔬菜冷鏈車的制冷原理主要是通過不同類型的制冷機組來實現。

制冷機組有非獨立式、獨立式和掛車制冷機組三大類。

非獨立式冷藏機組大多用在中小型冷藏箱體上，適用于短途運輸，結構簡單，靠冷藏車發動機帶動壓縮機工作，制冷功率較小。

獨立式冷藏機組多用在重卡車型的冷藏箱體上，適用于長途運輸，因其有獨立動力來源，不受汽車發動機限制，制冷性能穩定，能保持車廂內溫度相對穩定。

掛車制冷機組應用在 13 - 16 米的冷藏半掛車上，制冷功率強大，也有獨立動力。

選擇制冷機組時，除考慮貨箱容積，還要考慮裝載貨物。比如運輸冷凍肉類、速凍食品等，箱體溫度需達零下 15 攝氏度以下，藥品、疫苗等，箱體溫度要維持在 2 - 8 攝氏度之間。

另外，果蔬在冷鏈運輸前往往需要預冷。常見預冷方式有自然冷卻預冷，就是放在陰涼通風處自然降溫。風預冷是在預冷室內用制冷機制造冷空氣，再用鼓風機通入冷空氣來冷卻。差壓預冷是利用包裝箱兩側壓力差迫使冷空氣流經果蔬表面帶走熱量。冷水預冷是將果蔬直接浸沒于冷水中或用冷水噴淋冷卻。冰預冷是把冰塊連同果蔬放入包裝箱或注入冰水混合物來吸收熱量預冷。

冷庫風機的冷卻原理是風機運行產生負壓，使外部空氣流經多孔濕簾表面，迫使干球溫度接近室外濕球溫度，空氣越熱溫差越大，冷卻效果越好。它能保持室內空氣新鮮，還有冷卻和加濕雙重功能。冷庫風機主要用于冷卻，工作時將車間外的空氣冷卻后送入車間。