林肯飛行家的油耗不算高，在同級別車型中處于中等水平。一般來說，其百公里油耗在 9.5 升 - 13 升左右。工信部綜合油耗數據約為 9.7 升/百公里。

實際駕駛中，有車主在高速上行駛較多，平均油耗能低至 11.8 升/百公里，在市區上班的車主幾個月下來平均油耗在 12.5 升左右，還有車主的綜合油耗為 12.2 升、10.9 升等。兩驅尊悅版的綜合油耗為 9.5L/100km ，四驅尊享版、四驅尊雅版、四驅行政版、四驅 Mono 限量版、四驅總統版的綜合油耗為 9.8L/100km 。實際駕駛中很多車主的油耗在 9.4L - 13.0L/100km 之間。

影響林肯飛行家油耗的因素很多。它配備的是 3.0T 渦輪增壓發動機，這樣的動力配置在一定程度上會影響油耗。而且車型大、車身重量重，也會讓油耗相應增加。駕駛習慣特別關鍵，急加油、常超車、遇紅燈不提前松油門等行為會增加油耗。道路狀態不好，像土路、山路等阻力大耗油會增加。迎風行駛、大風天行駛汽車阻力增大油耗也會增加。環境溫度低時，發動機缸體溫度低，冷起動時噴入的汽油不易霧化需要噴入更多的汽油才能燃燒，油耗會增大，而且氣溫低時發動機電腦會控制用更高轉速來熱車，這也會讓油耗增加。

要降低林肯飛行家的油耗，可以養成良好的駕駛習慣，比如勻速直線起步，避免大腳油門、大腳剎車行駛，不要頻繁變道。還要定期檢查胎壓，定期清理車內長期堆放的物品。在經常堵車的路況下行駛，可以選擇使用低粘稠度的機油以減少發動機的摩擦從而降低油耗。