林肯領航員加長版與普通版的顯著區別主要體現在以下幾個方面。

車身尺寸上，加長版車長約 5657mm，比普通版增加約 304mm，軸距達 3342mm，這讓行李廂空間更大，尤其是后排乘客腿部空間顯著提升。

外觀方面，加長版第三排玻璃面積更大，營造出懸浮式車頂效果，中網設計與小弟航海家、飛行家相近，采用 LED 貫穿燈帶串聯前大燈組及可發光車標，車身側面為懸浮式車頂，輪轂有 22 英寸與 24 英寸可選，車尾采用貫穿式 LED 尾燈，前臉寬厚，進氣格柵長方形鍍鉻網格裝飾，底部包圍輪廓大氣且運動，整體更顯大氣豪華。而普通版相對沒這么多特色。

內飾方面，二者都秉承“靜謐的豪華”設計理念，大量使用真皮及金屬裝飾，簡潔又具科技感，提供多種風格可選。但加長版前排中控有 48 英寸長條屏，座椅調節功能更豐富，還有 Rejuvenate 模式，和總統系列車型相同采用褐色大量皮質材質，液晶儀表中控大屏，懸浮式地臺寬大且漆面高端。

配置上，加長版配有 PAAK“智能手機鑰匙”、AAR 座艙“新風管家”系統等，實用性更強。

動力方面，均搭載 3.5L V6 雙渦輪增壓發動機，最大功率 285kW，峰值扭矩 680N.m，匹配 10 速自動變速箱，配備全時四驅系統、eLSD 電子防滑差速器、CCD 連續可調阻尼懸掛和 EPAS 電子助力轉向系統，動力參數相同。

價格方面，領航員加長版比標軸總統系列貴 10 萬元。

總之，選擇哪個版本取決于個人需求和預算。