機動車違章扣分處理主要有以下兩種方式。

一是網絡處理，如果違章扣分在 3 分以下，包括高速公路的違法行為，可以直接在網上處理，通過理論知識考試還能免除扣分處罰。直接在網上繳納罰款時，要進入公安網，提供有效的駕駛證、身份信息和手機信息認證，每個駕駛員一年有一次這樣的機會。

二是違法處理窗口處理，如果違章扣分超過 3 分，就需要先到專門的違法處理窗口辦理處罰手續，然后到銀行網點繳納罰款。在接受處罰時，要帶上違法機動車行駛證和違法駕駛人或經辦人的駕駛證，涉及扣分的，會扣實際到場接受處罰的駕駛員的分。

另外，查詢機動車違章一般在一周后就能知道結果，省、市、自治區范圍內的違法信息一般 7 個工作日內公布，跨省市自治區的則可能延長至 15 個工作日以上。

如果車輛被“套牌”導致違章記錄，車主可向機動車登記地和違法行為發生地的公安機關交通管理部門報案，警方會比對交通違章證據的圖片，只要發現違法車輛與上牌車輛特征明顯不符，或者舉報人能提供證據證明車輛號牌被套用，就能撤銷相關違章信息。