本田飛度的安全性能是不錯的。

車內配備了不少安全設備，像最基本的主副駕安全氣囊、ABS 防抱死制動系統是標配，還有安全帶未系提示、ISOFIX 兒童座椅接口、制動力分配等安全配置。

車身結構上，飛度采用本田 ACE 車身技術，能從正面和側面均勻轉移沖擊力，即使車廂外部嚴重受損，車廂也能保持完好，減少車內乘客的安全威脅。

ACE 車身技術還采用了本田 G-CON 的緩沖技術，頂架、下橫梁和車頭的車架能全方位吸收和緩沖運力，減少外界對駕乘人員的沖擊。

在 C-NCAP 的測試中，A 柱 B 柱雖有明顯變形，但駕駛艙內保持相對完整。在側面撞擊試驗中，車門變形、車窗玻璃散落，但車內仍保持相對完整的升降結構。穩定有力的車身結構能保持車內安全不受外部影響。

歐洲權威汽車安全認證機構給飛度最高的五星評級，美國 IIHS 公路安全保險協會也給飛度四個 G 的好評。

此外，飛度引入了本田 SENSING 安全超級傳感器，全系標配 4 個氣囊，還有發動機啟停、上坡輔助、自動駐車、車輛穩定控制系統等功能。新車還增加了后防撞梁厚度，以加強側面撞擊能量吸收性能。本田“MM”設計理念提升了車身剛性，Honda SENSING 安全超感系統能將危險防患于未然。