車輛管理所處理違章的方式主要有以下幾種：

一是攜帶機動車行駛證、機動車駕駛證，到車輛管理所或者公安機關交通管理部門的窗口進行處理。

二是通過手機軟件交管 12123 來處理違章。在處理違章時，首先要查詢違章記錄，確認違章事實。

如果是輕微違章，可通過交管 12123 線上處理，繳納罰款即可。要是較為復雜或存在爭議的違章，可能就需要前往車輛管理所的窗口辦理。

前往窗口辦理時，要準備好身份證、駕駛證、行駛證等相關證件。

另外，如果對違章處罰結果有疑問或不滿，可在收到決定書后 60 天內向違法行為發生地的公安交警大隊提出行政復議，或者在 3 個月內向法院提起行政訴訟。

需注意，機動車輛的違章違法行為必須處理，否則車輛無法辦理正常年檢、過戶、轉移登記、注銷等手續。