汽車改裝甲醇需要安裝甲醇控制器。甲醇控制器串聯在汽車噴油嘴和原車電腦之間，起到調節噴油量的作用，從而改變原車運行參數，讓汽油機能夠燃燒甲醇燃料。

目前甲醇控制器有多種類型，比如按生產技術可分為手動旋鈕開關型和遙控開關型；按產品功能可分為手動旋鈕開關可調整型和遙控開關型，其中手動旋鈕開關型目前為手動 4 檔可調，遙控開關型安裝更方便；按顯示類型可分為帶數碼管顯示型、液晶屏顯示型（尚未推出）和不帶顯示型。

先進的甲醇控制器是 30 檔可調的，有 30 個參數可供選擇，能適應大部分汽車運行，相比單參數控制器優勢明顯。但要注意，選擇甲醇控制器時，空燃比可調性很重要，單級不可調的只適合少部分車輛，要適應大部分車輛得選混合比可隨意調整的。

全自動控制器不可信，因為沒有檢測甲醇或汽油的傳感器及對原車氧傳感器的檢測。帶光耦的也不可靠，可能會導致原車信號到控制器 CPU 的波形失真，造成汽車怠速不穩、動力不足，且比較費油。

使用甲醇控制器改裝甲醇汽車，有諸多好處。比如動力性強，因為甲醇自身含氧，燃燒時有自供氧效應，能使燃燒更充分均勻，熱效率提高，動力增強。還能節省費用，燃燒工業酒精每公里只需 0.3 - 0.4 元，而國標汽油每公里需 0.5 - 0.6 元。并且清潔性好，能有效清除雜質和積碳。環保性也好，尾氣中 CO、HC 和 HO 可降低 30 - 50%。經濟性和替代性佳，M85、M100 車用工業酒精燃料在經濟成本和市場競爭方面有優勢。安全性也不錯，酒精類閃點較汽油高，著火危險性小。