專業二手車檢測機構和 4S 店檢測在多方面存在明顯差異。專業檢測機構獨立于買賣雙方，立場中立，能公正客觀地檢測車輛，檢測項目體系完備，并出具詳細報告；而 4S 店以新車銷售與售后保養為主，二手車檢測多依賴熟人經驗，缺乏統一標準，且通常不出具報告。二者性質、項目、報告各有不同，消費者可按需選擇適合的檢測方式 。

從檢測性質來看，專業二手車檢測機構置身于買賣利益之外，唯一的目的就是還原車輛的真實狀況，不受任何其他因素干擾，因此能以最公正的態度開展檢測工作。而4S 店的核心業務是新車銷售以及售后的維修保養，在進行二手車檢測時，可能會受到與廠商的關系以及自身銷售業務的影響，難以做到絕對的獨立公正，或許會不自覺地傾向于自身利益。

檢測項目上，專業檢測機構擁有一套完備且科學的體系，會對車輛的各個方面展開全面檢測，不放過任何一個可能存在問題的角落，從車輛外觀的細微劃痕到內部機械結構的潛在故障，都在其檢測范圍內。4S 店的檢測重點往往放在與自身業務相關的部分，比如車輛的關鍵零部件是否影響后續的維修保養等，這樣一來，一些較為隱蔽的問題就容易被遺漏。

在檢測報告方面，專業檢測機構會出具詳細且規范的報告，這份報告具有權威性和公正性，消費者可以依據報告全面了解車輛情況。而4S 店通常不會出具書面報告，只是口頭簡單告知消費者基本情況，這使得消費者在后續若發現問題，很難追溯責任，自身權益難以得到有效保障。

綜上所述，專業二手車檢測機構和4S 店檢測各有特點。消費者如果追求全面、客觀、規范的檢測服務，那么專業二手車檢測機構是更好的選擇；若只是想簡單了解與4S 店業務相關的車輛狀況，4S 店檢測也可以作為參考。