Skoda Fabia 的安全性能可以通過以下方式得到保障。

在主動安全裝備配置方面，它配備了常見的 ABS 和 EBD 等系統，還擁有同級別罕見的 MSR 發動機阻力矩控制系統和 CBC 彎道控制系統，能保證車輛在彎道、濕滑路面等狀況下穩定行駛。此外，還有適合車道保持、行人/騎自行車者保護等功能，可檢測即將發生的碰撞并發出警告和自動啟動剎車。

在被動安全裝備方面，前排燃爆預緊式安全帶、前排雙安全氣囊、側面安全氣囊、可潰縮式轉向柱、制動踏板保護機構、帶有碰撞保護桿離合器踏板等，全方位保護乘員安全。同時，前部、窗簾和側面安全氣囊是標準配置，還可在后部指定膝蓋和側面安全氣囊，Isofix 是后排兩個座椅的標準配置，是前排乘客座椅的選裝配置。

而且，斯柯達 Fabia 的承載式車身經過特別研發，與約束系統一起為駕乘提供更好的安全保護，發生碰撞事故時，車身結構能有效吸收撞擊能量。

斯柯達 Fabia 在 C-NCAP 嚴苛的碰撞測試中奪得五星安全桂冠，其賽車運動部門推出的全新 Fabia RS Rally2 也采取了多項安全措施，比如車身兩側由座椅支架結構和附加桿連接，車門處有堅固的防滾支架，特制的賽車座椅、六點式安全帶和頭頸部支撐系統等，能更好地保證駕駛員和副駕駛的安全。

另外，Fabia Combi 全車系標配 6 氣囊，ESC 電子行車穩定、ASR 加速防滑控制、HHC 升坡輔助等主動安全系統也是標準配備，還搭載有助于降低意外傷害的 MKB 二次碰撞預防系統，以及 XDS+主動式電子限滑差速器，能提升安全性和操控靈活性。