公司車輛在當地交通管理部門窗口查違章，需先攜帶相關證件前往，提交申請后由工作人員協助查詢。具體來說，要準備好車輛行駛證、駕駛證等，前往當地的交管部門辦事大廳窗口。若為委托他人辦理，還需出具委托書。到達窗口后取號排隊，向工作人員說明來意并提交證件資料，工作人員會進行查詢操作，告知違章情況 。

在排隊等待叫號的過程中，要保持耐心。畢竟交通管理部門人流量較大，業務辦理需要一定時間。輪到自己時，將經辦人的身份證、駕駛證、車輛行駛證，以及車輛所屬公司出具的委托書（若有委托情況）、營業執照、代碼證復印件等資料，整齊地遞交給窗口工作人員。清晰、準確地說明是要查詢公司車輛的違章情況，確保工作人員能迅速了解需求。

工作人員收到資料后，會仔細核對信息。隨后，依據提供的資料在系統中進行相應的查詢操作。查詢結果出來后，工作人員會詳細告知違章的具體情況，比如違章的時間、地點、行為以及對應的扣分和罰款標準等。車主或經辦人要認真聆聽，若有任何疑問，及時向工作人員提出，確保對違章情況有清晰、全面的了解。

如果在查詢過程中發現有違章需要處理，在工作人員做出處罰決定后，經辦人要簽字確認。之后，在收到處罰決定書之日起十五天內，務必按處罰決定書指定的銀行繳納罰款。千萬不要逾期，否則可能會產生額外的滯納金，增加公司的經濟負擔。

總之，公司車輛在當地交通管理部門窗口查違章，看似流程繁瑣，實則每一步都有其重要意義。只要準備好資料，遵循流程，就能順利完成違章查詢，及時了解車輛的違章狀況，為后續的處理和車輛管理提供依據。