若公司車輛處理違章委托書丟失，應立即向授權方（車管所）報告并提交書面申請。委托書是處理違章時至關重要的文件，丟失后不及時處理會影響違章辦理流程。及時報告能讓車管所了解情況，書面申請需清晰闡述遺失原因與補辦理由。車管所審核無誤后，一般會在五個工作日內補辦新的委托書，之后按要求重新辦理業務，從而確保違章處理工作順利推進。

在書面申請中，要盡可能詳細地說明委托書丟失的具體情形。例如，是在攜帶過程中不慎遺失，還是在辦公場所意外找不到了等等。補辦理由也要充分合理，明確指出因為需要及時處理公司車輛的違章，以保障車輛的正常使用，避免因違章未處理而產生更多的麻煩，如影響車輛的年審等。

同時，在車管所審核與補辦的這五個工作日內，相關負責人員也不能閑著。一方面，要仔細整理好處理違章所需的其他各項資料，確保資料的完整性和準確性，為后續順利辦理違章處理做好充分準備。另一方面，要時刻關注車管所的審核進度，保持與車管所工作人員的良好溝通，及時了解是否還需要補充其他材料。

另外，如果因為自身保管不善導致委托書丟失，那么相關責任人應承擔起相應責任。這不僅是對公司負責，也是對工作的一種嚴肅態度。在后續拿到新的委托書后，一定要妥善保管，避免再次出現類似的失誤。

總之，公司車輛處理違章委托書丟失后，只要按照規定流程及時報告、申請補辦，并做好相應的準備工作，就能將對違章處理的影響降到最低，確保公司車輛能夠盡快恢復正常使用狀態，不耽誤日常工作的開展 。