二手車鑒定檢測機構和4S店檢測存在多方面區別。二手車鑒定檢測機構獨立于買賣雙方，立場中立，檢測項目完備，會出具詳細報告，對檢測結果負責；而4S店與廠商和銷售業務聯系緊密，檢測多憑經驗，側重自身業務相關部分，通常不出具正式書面報告。從檢測性質、項目到報告呈現，二者都有明顯不同，消費者可按需選擇。

從檢測性質上看，二手車鑒定檢測機構有著天然的獨立性，不受制于任何與車輛買賣有利益關聯的一方，所以能以完全中立客觀的立場開展檢測工作。而4S店由于和汽車廠商關系緊密，并且自身有銷售業務在其中，這就使得其在檢測時很難做到絕對的獨立公正，可能會不自覺地傾向于維護自身及廠商的利益。

在檢測項目方面，專業的二手車鑒定檢測機構擁有一套完備且系統的檢測體系，對車輛的外觀、內飾、發動機、底盤、電子設備等各個方面都會進行細致入微的檢查，不放過任何一個可能存在問題的角落。4S店的檢測則主要側重于和自身業務關聯度較大的部分，像車輛的保修范圍、是否符合廠家認證標準等，缺乏統一且全面的檢測標準。

檢測報告也是二者的一大差異點。二手車鑒定檢測機構會為每一次檢測出具一份詳細、規范的書面報告，報告中會清晰記錄車輛的各項檢測數據、存在的問題以及整體車況評估等內容。而4S店通常不會出具這樣正式的書面報告，大多只是通過口頭的方式簡單告知消費者檢測情況，信息的完整性和準確性都難以保障。

總之，二手車鑒定檢測機構和4S店檢測各有特點。消費者在選擇時，若追求全面、客觀、規范的檢測服務，獲取詳細準確的車況信息，不妨選擇專業的二手車鑒定檢測機構；若只是想簡單了解車輛與4S店業務相關部分的狀況，4S店的檢測也可作為參考。