電動摩托車扣分不一定會扣機動車駕駛證。電動摩托車雖屬于機動車，但一般有自身獨立的管理規定和記分制度。若駕駛人僅持有電動摩托車相關駕駛證，其違章扣分自然不會涉及機動車駕駛證。然而，要是駕駛人同時持有機動車駕駛證，且在駕駛電動摩托車時出現嚴重違章行為，比如引發交通事故，就可能會依據具體情況對機動車駕駛證記分，各地規定也存在差異。

從電動車的分類來看，電動自行車、電動輕便摩托車和電動摩托車有著不同的規定。騎行新國標的電動自行車不需要駕駛證，因其屬于非機動車，違章不會被扣分，通常面臨的是警告或者五元以上五十元以下罰款。而非機動車駕駛人要是拒絕接受罰款處罰，執法部門有權扣留非機動車。

電動輕便摩托車和電動摩托車則屬于機動車范疇，駕駛它們需要相應的機動車駕駛證。當駕駛人違反規定被扣留駕駛證時，就會按規定扣機動車駕駛證的分數。比如在一些城市，對于電動摩托車闖紅燈、逆行等違章行為，若駕駛人同時持有汽車駕駛證，就會在該駕駛證上記分。

另外，電動摩托車和小型汽車的駕駛證在一個駕駛本上，累計積分都是12分一個周期。并且電動摩托車在第2年、第4年、第8年需要進行免檢車合格標志申領，在第6年、第10年需要前往檢測機構進行上線檢測，十年以上的每年都需要進行審驗。

總之，電動摩托車扣分與機動車駕駛證是否關聯，要綜合多方面因素考量。不同類型電動車規定有別，各地執行標準也存在差異。駕駛人在騎行電動摩托車時，務必了解當地規定，遵守交通法規，避免不必要的扣分和處罰，確保安全出行。