摩托車有證無牌駕駛被交警查到后，通常會經歷扣留機動車、罰款、扣分等處理流程，后續需補全手續領回車輛。按照法律規定，未懸掛機動車號牌上道路行駛，交警會扣留機動車，通知當事人提供相應牌證等。一般會處以 200 元罰款，駕駛證扣 12 分。若為改裝車，罰款 200 到 2000 元，吊銷駕駛證且強制報廢。車主需盡快補齊購車發票、合格證等上牌材料，完成手續后領回摩托車。

首先是扣留機動車這一環節。交警一旦發現摩托車有證無牌上路行駛，會依法依規將車輛扣留。這是為了確保道路交通的規范性和安全性，避免無牌車輛帶來管理上的漏洞和潛在的安全隱患。

接著是罰款流程。罰款金額依據具體情況而定，按照相關法律規定，普通的有證無牌駕駛行為，通常會被處以200元的罰款。而要是摩托車屬于改裝車，罰款幅度就會提升至200元到2000元之間。這旨在通過經濟處罰，促使車主遵守交通法規，合法合規上路。

扣分也是處理流程中的重要一項。一般駕駛無牌摩托車上路，駕駛證會被扣12分。這一嚴厲的扣分措施，提醒著駕駛者上牌上路的重要性。一旦扣滿12分，車主需要交清罰款，然后參加為期七天的學習以及科目一的考試，只有順利通過考試，才能拿回暫扣的駕駛證。

倘若當事人無法提供相應牌證、標志或補辦手續，交通部門有權處200元以上2000元以下罰款，甚至可吊銷駕駛證。要是當事人拒絕繳納罰款或難以找到當事人，交通部門還可申請法院強制執行，同時對當事人進行15日以下行政拘留處罰。

總之，有證無牌駕駛摩托車是違反交通法規的行為。車主們應嚴格遵守規定，及時為摩托車上牌，安全合法出行，這樣既能保障自身權益，也有助于維護良好的交通秩序。