摩托車駕照扣12分后，需前往駕駛證核發地或違規行為發生地的交通管理部門，接受為期七天的道路安全法規培訓，之后在規定時間內通過科目一考試，考試過關扣分記錄清除，駕駛證恢復。首先要攜帶身份證、行駛證和駕駛證，前往違規地點的車輛管理所交警大隊繳納罰款，并參與安全教育課程。若一個記分周期兩次達12分或一次記分在24分以上，除考科目一還要考科目三。若在實習期，駕照注銷作廢。

繳納罰款后，便要按照規定參加為期七天、每天八小時的道路安全法規培訓。這七天的培訓至關重要，它是對交通法規一次系統且全面的學習回顧，幫助駕駛者深刻認識到自身錯誤，強化交通安全意識。培訓過程中，會有專業人員詳細講解各類交通法規知識，分析常見交通事故案例，從中吸取教訓。

完成培訓后，迎來的是科目一考試。這是恢復駕駛證的關鍵一步。科目一主要考察對交通法規知識的掌握程度，題型涵蓋廣泛，包括交通標志、標線、安全行車常識等內容。考生需認真作答，只有順利通過考試，扣分記錄才會清除，駕駛證方能恢復正常使用。倘若未能通過，就必須繼續學習，重新參加考試，直至合格為止。

如果在一個記分周期內出現兩次達到12分或者一次記分在24分以上這種較為嚴重的情況，僅僅通過科目一考試還不夠，還得按照規定預約參加科目三道路駕駛技能考試。科目三著重考察實際駕駛操作能力，只有順利通過這兩項考試，記分才會清除，駕駛證才能重新發還。

總之，摩托車駕照扣12分后的處理流程較為嚴格且復雜。這旨在提醒每一位駕駛者務必嚴格遵守交通法規，謹慎駕駛，安全出行。一旦出現扣分情況，要積極按照流程處理，避免因疏忽導致更嚴重的后果。