C1增駕摩托車駕照后，扣分是合并計算的，一個記分周期內共12分。增駕后，車管所會發放一本合并的駕駛證，不管是駕駛C1準駕的小型汽車違章，還是駕駛摩托車違規，扣分都從這本證上扣除。若在一個記分周期內扣滿12分，駕駛員需重新參加理論學習與考試。所以，增駕后更要嚴格遵守交規，謹慎駕駛，以免面臨重新學習的麻煩 。

記分周期是從駕駛證上的初次領證日期開始計算，以12個月為一個記分周期。在這個周期內，如果沒有記滿12分且已經把罰款交清，那么到了下一個記分周期，記分系統會將上一周期的分值全部清零；要是沒有交清罰款，分值就會累入下一個記分周期。例如，你的初次領證日期是2020年5月1日，那么從2020年5月1日到2021年5月1日就是一個記分周期，若在這個周期里有違章記分但沒處理，分值就會自動累入2021年5月1日到2022年5月1日的記分周期。

此外，若C1和摩托車駕照在一個記分周期內總共被記6分及以上，就需要參加學習并考試來消除超分；若總分數不超過12分，交清罰款即可，無需參加學習或考試 。這里的計分并不是按照取得駕照的時間，即便增駕后獲得的分數，也是按照新駕照來計算是否達到學習標準。

總之，C1增駕摩托車駕照后，雖然駕駛證合并為一本，總共12分的記分上限不變，但管理規定更加嚴格。駕駛員在日常駕駛中，無論是駕駛小型汽車還是摩托車，都務必時刻保持謹慎，嚴格遵守交通規則，注意記分周期的計算以及超分后的處理規定，確保駕駛行為合法合規，以維護自己駕駛證的正常使用。