單位車輛的車船使用稅繳納方式有兩種，一是保險機構代收代繳，二是自行申報。

如果是保險機構代收代繳，就在保險機構所在地繳納。

要是自行申報，分以下幾種情況：對于單位內部場所行駛或者作業的機動車輛，要向主管稅務機關自行申報納稅；沒有扣繳義務人的，向車船登記地主管稅務機關自行申報納稅；依法不需要辦理登記的車船，向車船的所有人或者管理人所在地主管稅務機關申報納稅。

車船稅納稅義務發生時間為取得車船所有權或者管理權的當月，也就是購買車船的發票或者其他證明文件所載日期的當月。

車船稅按年申報、分月計算，納稅人應當一次性繳清全年應繳稅款。具體申報納稅期限由省、自治區、直轄市人民政府規定。

比如在福建省，對由扣繳義務人代收代繳車船稅的納稅人，車船稅納稅時間為納稅人購買機動車交通事故責任強制保險的當日；對實行自行申報繳納車船稅的納稅人，車船稅申報納稅時間為當年 1 月 1 日至 12 月 31 日；對每年 12 月新購車船的納稅人，車船稅申報納稅時間為次年 1 月 31 日前。

單位車輛繳納車船稅還可以通過以下方式：1. 直接登陸網站在線繳納。2. 到國稅部門辦理繳納。3. 到當時地稅部門辦理繳納。4. 到財政部門設立的車船稅代繳點辦理繳納。

繳納完畢后要妥善保管好車船稅完稅憑證。如果在異地繳納，要及時到當地車管所辦理完稅信息補錄。

如果未按時繳納，會產生滯納金，按日收取，每一年度加收滯納金欠稅金額滯納天數萬分之五。