車輛通行證的辦理流程如下：

準備材料，通常需要車主身份證原件和復印件兩份，單位車輛要提供企業代碼證書原件及復印件加蓋公章。此外，還可能需要車輛行駛證、駕駛證、車輛保險憑證等相關證件的原件及復印件。根據具體的通行需求，比如辦理三超通行證，第一次辦理需車輛行駛證及復印件、單位介紹信，以后辦理僅需舊的通行證和單位介紹信；辦理劇毒化學品通行證，要《劇毒化學品購買憑證》或者《劇毒化學品準購證》，承運單位的相關許可證、機動車行駛證、運輸車輛道路運輸證，駕駛人及押運人員的身份證件、駕駛證、上崗資格證等。

填寫申請表，在相關部門獲取申請表，如實填寫車輛信息、通行時間、路線、事由等內容。

提交申請，將準備好的材料和填寫完整的申請表提交至指定的辦理窗口或通過線上平臺提交。

審核，相關部門會對申請材料進行審核，核實車輛和申請人信息，以及通行需求的合理性。

繳費，如果通行證辦理需要繳費，在審核通過后按規定標準繳費。

領取通行證，審核通過并完成繳費后，即可領取。

疫情期間辦理車輛通行證，要先了解當地政策，準備身份證、駕駛證、行駛證、車輛保險證明等材料，可能還需健康證明或行程記錄等，并提前預約辦理時間。在約定時間前往辦事大廳，遵守規定，提交申請，辦理完成后可能需郵寄領取。

不同地區和不同類型的車輛通行證辦理會有差異，具體要參考當地政策規定。