深中通道國慶假期對 7 座及以下小型客車免費通行。免費時段從 10 月 1 日 00：00 開始，到 10 月 7 日 24：00 結束。

普通收費公路以車輛通過收費站收費車道的時間為準，高速公路以車輛駛離收費站收費車道的時間為準。在非免費時段進入高速公路，出高速時處于免費時段能免費通行；在免費時段進入高速公路，出高速公路時是非免費時段則不屬于免費通行范圍。

深中通道全時段禁止通行危險貨物運輸車輛，對四類及以上貨車，即總軸數（含懸浮軸）為 4 軸及以上貨車（含大件運輸車輛）也禁止通行。

在車流量明顯超出深中通道通行能力或因交通事故導致嚴重交通擁堵或中斷時，交警部門將在翠亨東收費站采取臨時限流管控措施。

預計 9 月 30 日 18 - 22 時和 10 月 1 日出現第一個高峰期，10 月 5 日至 7 日隨著返程車輛增多，車流量逐步增大，10 月 7 日迎來第二個高峰期。另外，國慶期間每天 12 時至 23 時可能出現不同程度緩行。易堵路段包括深中通道翠亨東出口、深中通道往深圳方向進入隧道前路段、深中通道翠亨東進入深中大橋上橋匝道與主路交匯路段、深中通道往中山方向隧道段、深中通道往中山方向萬頃沙立交至翠亨東出口路段、深圳機場互通。

按照地域劃分，西岸的橋梁部分由中山交警管轄，西人工島（含）以東的隧道路段由深圳交警管轄。深中通道全程 24 公里不設服務區，出行前要檢查好車況。行駛途中若身體不適，可撥打 110、122、120 或 4009262666 求助。