無鑰匙進入系統在給人們帶來便利的同時，也存在一些弊端。

容易導致車內物品丟失是較為常見的問題，因為車主攜帶鑰匙靠近車輛就會自動解鎖，若離開時有人迅速再按解鎖鍵，車輛會處于無鎖狀態。

安裝無鑰匙進入系統通常會變動原車線路，存在安全隱患，不少改裝需重新連接原車線路，可能會燒原車電腦或造成短路。

而且智能鑰匙內的電池需要定期更換，否則會影響系統正常工作，若鑰匙丟失或損壞，更換或重新編程新鑰匙會花費額外的時間和金錢。

一些較舊的智能鑰匙系統還可能容易被黑客攻擊，導致車輛被盜。