沒交高速費卡還在手里一般不會直接影響車輛年檢。

但如果是惡意未交，比如沖崗逃費，可能會被視為違規行為。一旦被認定違規，就可能被記錄在個人的交通信用檔案中，從而對車輛年檢、保險購買等產生負面影響。

如果是因為疏忽忘記交費，應盡快補交，通常不會有不良影響。

若未交費是由于收費系統故障等客觀原因造成的，要保留好相關證據，以便后續處理。

上高速發卡時已自動錄入車輛信息，沒交卡或繳費，下次過該路段時可能會有不良信息影響通過，甚至被收費站認為汽車闖站，把車輛信息錄入車輛不良信息系統，下次需補交并罰款。

公路單位也會通知沿線收費站留意您的車輛何時再使用該路行駛，隨時有可能被收費站截停補交路費及退回原來的IC卡。建議您下次途經該收費站時將卡退回收費站，并補交路費。

總之，為避免不必要的麻煩，應按規定交高速費，出現未交情況要積極處理。