三元催化清洗劑既可以從油箱加注，也可以通過其他方式使用。

從油箱加注的方法較為簡便，直接將清洗劑加入半箱以上的燃油中，車輛啟動后清洗劑會隨汽油一同進入燃燒室燃燒，最終隨廢氣排出，經過三元催化時進行清洗。但這種方式相對而言效果可能不如打吊瓶的方式。

打吊瓶的方式需要先讓發動機預熱，然后將節流真空吸附裝置一端套住發動機進氣歧管內，注意切勿插入剎車真空管內。待發動機怠速運轉時，逐漸調節清洗劑的流量，慢速向歧管內注入，持續清洗 20 - 40 分鐘。

清洗完畢后，加大油門至 3000 - 4500RPM，繼續怠速運轉幾分鐘，讓污物被溶解或強氧化，通過排氣管燃燒或排出。

此外，還有將三元催化清洗劑倒入專用設備內，將設備輸出接頭與真空管連接，啟動發動機并控制轉速在 2000 轉左右，打開流量控制閥，將清洗劑緩慢滴入進氣道的方法。