專業的二手車估價查詢機構收費方式多樣。

一是按車輛價格收費，比如 2.5 萬元以下按 0.6%收，2.5—5 萬元(含)按 0.5%收，5—20 萬元(含)按 0.4%收，20 萬元以上按 0.3%收，且汽車類價格評估鑒定最低收費額為 100 元/輛，最高收費額為 3000 元/輛。不過不同地區收費標準可能不一樣，舊機動車價格評估鑒定費用一般由買賣雙方各負擔 50%。

二是按固定費用收費，無論車輛類型或價值如何，評估費用保持不變。

三是按服務深度收費，基礎的車輛外觀檢查可能幾百元，全面的機械檢查、電子系統檢測以及車輛歷史報告等高級服務可能數千元。像查博士會把車況分為 A、B、C、D 四個等級，一般小汽車檢測 300 左右，大貨車 1000 元左右。

此外，有些機構如二手車鑒定評估公司收費標準還會因車輛類型而異，三輪汽車 100 元，低速貨車 100 元，其他汽車 2.5 萬元以下 200 元，2.55 萬元(含 5 萬元)300 元，5 萬元以上 10 萬元(含 10 萬元)400 元，10 萬元以上 500 元，摩托車排氣量 50CC 50 元，排氣量 50CC 以上 80 元。