馬自達標志通常是紅色和白色相間，有時也會采用黑色或銀色作為背景色。

馬自達標志中的顏色具有一定的特殊含義。“M”代表“Matsuda”（松田），“Z”代表“Zenith”（頂點），寓意著馬自達追求最高品質的決心，而紅白色的搭配，彰顯了馬自達的活力與激情。

馬自達最著名的魂動紅車漆，其調配過程是業內公認的最復雜工藝之一，除了馬自達生產線及授權的 4S 店，社會維修廠還難以復制，所以也號稱是“無法實現”的紅色。相比普通的紅色車漆更晶瑩剔透，有著很棒的光澤度和反射度，當然價格也相對較高。

馬自達在日本特許廳申請的神秘商標，采用具賽事元素意涵的色彩組成。比如一個朝向右側上方斜置的“R”字樣商標，色彩上以深灰色為基底、“R”字樣為白色，但最右側則有象征性能精神的三角形紅色色塊點綴。外界猜測其紅色三角形與品牌過去名聞車壇的轉子引擎有所關聯，而“R”字樣被推測向過去 RX-7、RX-8 車系上曾推出的 Spirit R 限量性能標志車型致敬。

馬自達還申請了新的商標，在外框采用類似轉子引擎當中轉子的三角造型，內植入由橘色外框形塑的“e”字樣造型。這些色彩和造型的組合，都展示了馬自達在品牌發展和技術創新上的獨特追求。