本田飛度的安全配置達到了較高標準。

它配備了標準配置的主副駕安全氣囊、安全帶未系提示、ISOFIX 兒童座椅接口、制動力分配、ABS 防抱死制動系統等。

采用本田 ACE 車身技術，能均勻轉移沖擊力，車廂能保持完好減少對乘客威脅，還有本田 GCON 的緩沖技術全方位吸收和緩沖運力。

新車增加了后防撞梁厚度，加強側面撞擊能量吸收性能。

飛度還引入了本田 SENSING 安全超級傳感器，全系標配車輛穩定控制系統等。

在主動安全方面，配備了車道偏離預警、車道保持輔助、主動剎車、自適應巡航等駕駛輔助系統。

Honda SENSING 安全超感系統能防患危險，使用高清廣角攝像頭，提升畫面識別精度，強化各種輔助功能。

新增的車道偏離警示、車道保持輔助系統、自適應巡航控制、行人碰撞預警、倒車影像及自動泊車等配置，更好地保障行車安全。

在中保研的測試中，飛度的主動剎車、并線輔助、車道偏離預警系統等均獲滿分。

面對國內復雜路況和加塞情況，CMBS 系統能有效避免碰撞。

在國內外的碰撞測試中，飛度表現出色，CNCAP 給予其五星安全評價，歐洲的汽車安全認證機構給予了五星評級，而美國 IIHS 公路安全保險協會也給出了四顆星的評價。

飛度 1.5L 無限 MUGEN 版的主/被動安全配置很齊全，包括自動泊車、零胎壓續航輪胎、自動駐車、陡坡緩降、上坡輔助、膝部氣囊、HUD 抬頭顯示、剎車防抱死、制動力分配、剎車輔助、牽引力控制、主動降噪、發動機啟停、側安全氣簾、手機無線充電、夜視系統、LED 日間行車燈、前倒車雷達、胎壓監測、方向盤加熱、車身穩定控制、后倒車雷達、疲勞提醒、遙控泊車、兒童座椅接口、車道保持等配置。

其中，自動駐車可以避免長時間踩剎車或者需要頻繁拉手剎；陡坡緩降可以安全低速通過陡坡路況；膝部氣囊降低乘員在二次碰撞中車內飾對乘員膝部的傷害。

綜合來看，飛度的安全配置能滿足日常城市代步需求，對于駕乘者能提供一定程度的有效保護。