C5 駕駛證違章扣分的處理辦法如下。

首先得準備材料，要是被電子眼拍照，帶上行駛證就行；要是超速違章，得準備行駛證和駕駛證及其復印件一份；要是貼條違章，拿著出發決定書和行駛證。

然后要去車管所，帶著準備好的材料，在那確認有沒有違章記錄，還能查看相關照片，接著填寫確認書。

再就是繳納罰款，拿著確認書去車管所指定的銀行交錢，可以選任意一家指定銀行的分行，自動取款機也能辦。

得明確 C5 駕照是專為殘疾人設計的，不是準駕駛證。

C5 駕照扣分，每個記分周期交通違法記分不滿 12 分，沒違章的話下個記分周期自動歸零。比如 10 月 1 號駕駛證年審，只要 10 月 1 號前駕駛證沒違章，不滿 12 分，到 10 月 1 號就自動清零，不會算進下一個記分周期。但要是記分超過 12 分，或者有違章沒處理，就會算進下一個記分周期。

第一次記滿 12 分到 24 分（不含），駕駛人參加科目一考試合格就能清除交通違法記分，兩次及以上記滿 12 分或同一周期累計 24 分（含）以上，每次得考科目一和科目三，然后由交管部門歸檔清分。